Príbeh D.Gray-mana sa odohráva na konci fiktívneho 19 storočia. Opisuje mladého chlapca menom Allen, ktorý sa stal exorcistom. Earl Milénium, hlavná záporná postava bojuje so svojou armádov démonov zvaných Akuma za vyhladenie ľudstva na Zemi. Allen a ďalší exorcisti z organizácie Čierny Rád (The Black Order) sa snažia zabrániť výrobe Akumov a ničia ich so svojimi anti-akuma zbraňami.